肩こりの原因は血行不良が大きいとされているので、磁気が血行を促進するのであれば、効果がみられるのは疑いようもない。磁気が血管を拡張する物質の分解をする物質の抑制（つまり血管の拡張につながる）に効果がある、または血中の鉄に影響するという説があり、その結果、血行が良くなって肩こりに効くという理屈である。
ところが、実際に科学的な証明がされたというわけではないらしく、肩こりに対する磁気の効能は個人差もあって、一概に効くとも限らないのが、否定派の指摘の的になっている。それはともかく、肩こりが治るとして売られていれば問題だが、万人に効くという表現でもしない限り、効いても効かなくても個人差で片づけられてしまう。
